Da die anfänglichen Anzeichen eines Morbus Crohn sehr unterschiedlich sein können und manchmal auch denen anderer Erkrankungen ähneln, ist die Diagnose nicht immer ganz einfach. Der Spezialist für Morbus Crohn ist ein spezialisierter Arzt, oder ein Arzt für Erkrankungen des Verdauungssystems, ein Gastroenterologe.

Um einen Morbus Crohn festzustellen und andere Erkrankungen auszuschließen, werden verschiedene Untersuchungen durchgeführt. Am Beginn steht ein ausführliches Gespräch zu den Beschwerden, der Lebensweise und bisher verwendeten Medikamenten. Die körperliche Untersuchung kann Hinweise auf einen ungewollten Gewichtsverlust, Fieber, Hautgeschwüre, Augen- oder Gelenkentzündungen sowie Beschwerden rund um den Anus geben. Auch Schmerzempfindlichkeit beim Abtasten des Unterleibs oder ein positiver Befund auf Blut im Stuhl können ein Hinweis sein. Eine genaue Blutuntersuchung und verschiedene bildgebende Verfahren gehören darüber hinaus zur Diagnose. Einen eindeutigen Nachweisfaktor im Blut gibt es aber bisher nicht. Steht die Diagnose schließlich fest, kann ein individueller Behandlungsplan aufgestellt und eine wirksame Therapie eingeleitet werden.

Blutuntersuchung: Ein Mangel an Vitaminen oder Spurenelementen kann Ausdruck einer eingeschränkten Darmfunktion sein. Auch eine Anämie (Blutarmut) kann aufgedeckt werden. Auch zeigen sich hier evtl. Entzündungszeichen
Spezialisierte Stuhluntersuchungen

Ultraschalluntersuchung (Sonographie): Sie lässt häufig erkennen, wo der Darm entzündet ist und ob Fisteln oder Abszesse vorhanden sind.
Darmspiegelung (Koloskopie): Sie eignet sich für den Dick- und unteren Dünndarm und kann die betroffenen Bereiche direkt sichtbar machen. Darüber hinaus können Gewebeproben entnommen werden. Eventuell erfolgt auch eine Magenspiegelung (Gastroskopie).
Röntgenaufnahme (mit Kontrastmittel): Wird häufig zur Untersuchung des oberen und mittleren Dünndarms angewendet, da hier eine Koloskopie nicht geeignet ist.
Computertomographie (CT) und Magnetresonanztomographie (MRT): Diese Verfahren ermöglichen z. B. die Darstellung von Komplikationen, wie Abszesse, Fisteln oder Verwachsungen.